Tras la bula Piis fidelium votis del papa Clemente VII se autorizó la instalación de una comunidad franciscana en el convento de Nájera conllevando como tal a la presencia de los franciscanos durante los siguientes cuatrocientos años, a pesar de los intermitentes abandonos durante la época de la desamortización y el duro periodo para la iglesia que se vivieron durante esos años, los franciscanos pudieron consolidarse definitivamente en el monasterio.

El archivo de Nájera contiene una diversidad de materiales existentes que conviene señalar: franciscanos y abadía benedictina.  En un primer momento se parte de un inventario que realizó Fr.Juan Ruiz de Larrinaga (1916) así como una ordenación del archivo realizado por Zubizarreta-Otero en 1984-1988. Tras un trabajo exhaustivo de Fernando Guillén, se catalogó los documentos pertenecientes a los franciscanos desde 1895 a 2017 que abarca la presencia en el Monasterio de Sta. Mª la Real por parte de los franciscanos después de la exclaustración y hasta el día de hoy. Forman un conjunto de 39 cajas y 698 registros.