El archivo antiguo del convento de La Aguilera es el convento madre de la Custodia de seis-siete conventos denominada Domus Dei, de La Aguilera, que a comienzos del siglo xv llevó adelante la reforma de la Orden de San Francisco en tierras castellanas, siguiendo los impulsos de Fr. Pedro de Villacreces. Acompañan diversos materiales provinciales (tablas capitulares, cartas de ministros provinciales, etc.) de la extinta Provincia franciscana observante de La Concepción, dentro de la cual se integraron los conventos-eremitorios de la reforma, entre ellos el de La Aguilera. El archivo destaca así mismo por ofrecer los procesos de beatificación y canonización de San Pedro Regalado, morador que fue del citado convento. 

En el archivo se hayan diversos materiales de la Provincia de la Concepción que eran enviados a todas las casas, como por ejemplo las tablas capitulares, cartas de los Ministros provinciales, etc. Otro conjunto de materiales de algunos conventos de dicha Provincia: Valladolid, Segovia, Peñafiel, Castrojeriz, Palenzuela, Ayllón, Aranda de Duero y El Abrojo. Así como el Archivo del convento antiguo de La Aguilera (1395-1835). 

Forman un conjunto de 62 cajas con 1202 registros que se pueden consultar en:

Archivo Ibero-Americano 80, nº 291 (2020): 447-548 y en la base de datos del Archivo del Santuario de Arantzazu.