Se trata de un archivo histórico-administrativo donde se aloja una variedad de fondos diferentes, entre ellos cabe destacar el archivo musical antiguo y moderno, así como los archivos procedentes de otros conventos (ARCHIVO DE LA MADRE ÁGREDA, ARCHIVO DE LA ANTIGUA PROVINCIA FRANCISCANA DE BURGOS, ARCHIVO DEL MONASTERIO DE LOS PADRES FRANCISCANOS DE NÁJERA, ARCHIVO DE LOS PADRES FRANCISCANOS DEL CONVENTO DE LA AGUILERA, ARCHIVO LITERARIO DE ARANTZAZU). A parte de ello, no podemos olvidar, sin duda, el archivo del colegio, la casa de ejercicios y los sermones manuscritos entre ellos.

Actualmente se está trabajando en la catalogación de los fondos. Algunos de ellos ya son visitables en la red.