Clemente VII aita santuaren bula Piis fidelium votisaren ondoren, frantziskotar komunitate bat Najerako komentuan instalatzeko baimena eman zen. Ondorioz, frantziskotarrak egon ziren hurrengo laurehun urteetan, nahiz eta desamortizazio-garaian eta urte horietan elizak bizi izan zuen garai gogorrean, frantziskotarrak behin betiko finkatu ahal izan ziren monasterioan.

Najeraren artxiboak hainbat material ditu eta nabarmentzea komeni da: frantziskotarrak eta abadía benedictina. Hasiera batean Fray Juan Ruiz de Larrinagak (1916) egindako inbentario batetik abiatu zen, baita Zubizarreta-Oterok 1984-1988 urteetan egindako artxiboaren antolamendutik ere. Fernando Guillének lan sakona egin ondoren, frantziskotarrei zegozkien dokumentuak katalogatu ziren 1895etik 2017ra. Frantziskotarrek klaustrazioaren ondoren eta gaur arte Santa Mª la Real monasterioan izandako presentzia biltzen du katalogazio horrek. 39 kutxa eta 698 erregistro ditu.