Este archivo provincial estuvo escondido en el convento, o lo que quedaba de él, de Santo Domingo de la Calzada tras una falsa pared. Ante la posible perdida del material y antes del abandono del convento por la exclaustración del siglo XIX los frailes tomaron la decisión de esconderlo tras una pared, lo que hizo que se salvara de las llamas y que dispongamos hoy en día de él. Más tarde un fraile que quedaba de ese antiguo convento antes de morir revela a sus familiares que hay un tesoro antiguo entre las paredes del convento. Al descubrir que se trataban de papeles viejos, los familiares lo llevan a la catedral de Santo Domingo en 1889. Después se trasladó a Nájera en 1908 y posteriormente hacia los años 1945-1950 según las indicaciones de la curia general, por mandato de MG Pacifico Perantoni, se ordenó que todos los archivos locales y libros antiguos se trasladaran a un convento más seguro. Es así como llegó a Arantzazu, y tras el trabajo realizado de catalogación por Fernando Guillén, la numeración de los tres archivos: Provincia, Ciudad de Burgos y Estella, que hacen referencia a la extinta provincia franciscana de Burgos, se convirtió en un archivo catalogado y organizado con un conjunto total de 69 cajas y 1622 registros.

Se puede consultar en Archivo Ibero-Americano, 77 nº 285, 417-482 y en la base de datos del Archivo del  Santuario.